Training

Lo sviluppo recente di tecnologie sperimentali ad alta processività (Next Generation Sequencing - NGS) ha reso disponibili alla comunità scientifica una enorme quantità di dati di interesse biomedico.

L'analisi di questi dati per estrarre informazioni rilevanti dal punto di vista biologico pone una serie di importanti sfide, per rispondere alle quali il CRS4 ha realizzato una piattaforma basata sull’integrazione funzionale di due infrastrutture allo stato dell’arte gestite dal CRS4, quella computazionale (Centro di Calcolo) e quella sperimentale (Laboratorio di Genotipizzazione e Sequenziamento, il più grande e produttivo laboratorio di  sequenziamento massivo del DNA del paese) integrando risorse computazionali, sistemi informativi e applicazioni complesse per permettere l’accesso in modo efficace ed efficiente a strumenti sperimentali e computazionali data-intensive per l'analisi di dati biologici. 

I corsi si propongono di fornire ai partecipanti le basi teoriche e pratiche per l'analisi di dati di NGS. Verranno presentati i principali campi di applicazione offerti dalla tecnologia NGS, le relative metodologie e gli algoritmi per l’analisi bioinformatica e gli strumenti attualmente disponibili. Saranno inoltre svolte delle esercitazioni pratiche guidate su casi studio allo scopo di verificare l'apprendimento dei flussi di lavoro affrontati durante le lezioni teoriche.

Particolare spazio verrà dedicato all’utilizzo della piattaforma di analisi Galaxy che include i principali programmi utilizzati per l'analisi dei dati NGS ed utilizza le risorse computazionali messe a disposizione dal centro di calcolo del CRS4. Per il suo utilizzo non e' richiesta alcuna installazione di software da parte degli utenti.

I corsi sono rivolti a medici, biologi, tecnici e ricercatori delle Scienze della Vita che lavorano o sono interessati a lavorare con elevati volumi di dati di sequenziamento di prossima generazione.

Ad oggi, 100+ ricercatori provenienti da diverse istituzioni hanno seguito i corsi di formazione del CRS4, accreditati della certificazione ECM a livello nazionale e parte integrante del GALAXY Training Network [1]. 

Calendario eventi:

Titolo	Argomenti	Località	Data	Registrazione	Link
Training Course on Galaxy for Bioinformatics tool developers	Galaxy for developers	Cagliari	3-5 July 2017	Chiusa	More [2]
Exome analysis using Galaxy (IIB/ELIXIR-ITA Training Programme)	Exome analysis	Milan	19-20 September 2016	Chiusa	More [3]
Analisi dati Next Generation Sequencing con Galaxy	Sequenziamento esomi, RNA-Seq, metagenomica	Cagliari Pula, CA	18-20 Novembre 2014	Chiusa	Dettagli [4](50 Crediti ECM)
Analisi dati Next Generation Sequencing con Galaxy	Sequenziamento esomi, RNA-Seq, metagenomica	Cagliari	23-25 Settembre 2014	Chiusa	Dettagli [5](50 Crediti ECM)
Analisi dati Next Generation Sequencing con Galaxy	Sequenziamento esomi, RNA-Seq, metagenomica	Cagliari	18-20 Giugno 2014	Chiusa	Dettagli [6](50 Crediti ECM)
Analisi dati Next Generation Sequencing con Galaxy	Introduzione a Galaxy	Bologna	30-31 Gennaio 2014	Chiusa
Analisi dati Next Generation Sequencing con Galaxy	Sequenziamento esomi, RNA-Seq, metagenomica	Pula, Ca	8-11 Ottobre 2013	Chiusa
Analisi dati Next Generation Sequencing con Galaxy	Sequenziamento esomi, RNA-Seq, metagenomica	Pula, Ca	18-21 Giugno 2013	Chiusa
Analisi dati Next Generation Sequencing con Galaxy	Sequenziamento genomi batterici (risequenziamento e de novo), metagenomica	Teramo	12-16 Novembre 2012	Chiusa	Dettagli [7]
Master in Bioinformatica	ChIP-Seq, RNA-Seq, systems biology, modelling 3D di proteine	Cagliari	6 Settembre-20 Ottobre 2012	Chiusa	Dettagli [8]

Su richiesta, è possibile organizzare un corso breve a carattere introduttivo. Questo corso, della durata di una giornata è concepito per i casi in cui si voglia abbastanza velocemente valutare l’opportunità di utilizzare i servizi della piattaforma Orione [9], o eventualmente considerare l’acquisizione ‘in house’ di questa tecnologia. Per informazioni contattare ngs-courses@crs4.it 

Elenco delle istituzioni partecipanti:

 

• Istituto Zooprofilattico di Teramo
• Centro Regionale di Riferimento Trapianti, ASL, Cagliari
• Laboratorio Genetica Molecolare, Università di Cagliari
• Centro Sclerosi Multipla, Ospedale Binaghi, Cagliari
• Dipartimento di Medicina Veterinaria, Università di Sassari
• UOC Genetica Medica, Istituto Gianna Gaslini, Genova
• Rizzoli, Bologna
• IRGB, CNR, Cagliari
• Istituto Zooprofilattico di Sassari
• Ospedale Pediatrico Meyer, Firenze
• Fondazione IRCCS Ca’ Granda, Ospedale Maggiore Policlinico di Milano
• Medicina Clinica e Sperimentale, Università degli Studi dell’Insubria, Varese
• Laboratorio Fisiopatologia Cellulare e Molecolare, Palermo
• Ospedale Pediatrico Bambin Gesù, Roma
• Humanitas IRCCS, Milano
• Pharmacology and toxicology Institute, Zurich University
• Istituto Pasteur di Lille, France
• Diabetologia Pediatrica, ULSS20, Verona